Чрез представители в Общото събрание на Университета, Академичния съвет, Комисията по настаняване в общежитията на Софийски университет, Комисията по стипендии, награди и помощи на Софийския университет, Софийската комисия за разпределение и контрол по експлоатацията на студентските общежития и столове, представители в Управителния съвет на Поделение “Социално-битово обслужване” и други централни звена и комисии в Софийския университет, където е уредено участието на обучаващите се.

Чрез своите вътрешни структури, които взимат решения за събитията и кампаниите, организирани от Студентския съвет, одобрение на студентски проекти, съдействие при административни въпроси, свързани с обучението и процедурите, уредени в Софийския университет и други дейности.

Общо събрание – то се състои от всички членове на Студентския съвет, заседава поне веднъж месечно и е висшият орган за управление на Съвета. То взема решения относно позициите и становищата, които изразява организацията по повод обучанието, промени в законодателството и правилниците и избира представители на студентите и докторантите в други структурни звена на Софийския университет. Общото събрание дава позволението за учредяване на студентските клубове, асоцииране на нови членове към Студентския съвет и взима решения за прекратяване на мандата на членовете. Това е органът с най-широките правомощия.

Управителен съвет – той се състои от Председателя на Студентски съвет, Главния секретар, по един студент, представител на всеки факултет, и един представител на докторантите, които се излъчват от Общото събрание. Тяхна е задачата да одобряват или отхвърлят финансиране на студентските проекти, които са една от възможностите да получите помощ от Студентски съвет.

Председателят на Студентски съвет представлява цялата структура – изразява позиции от името на всички студенти и докторанти на Софийския университет, присъства на заседанията на Академичния съвет и ръководи в цялост и постоянно дейностите на Студентския съвет. Председателят носи отговорност за разходването на средствата, с които разполага Студентския съвет, комуникира най-често с администрацията и представлява обучаващите се при нужда.

Заместник-председателите подпомагат председателя при управлението на Студентския съвет и могат да го представляват, когато са упълномощени за това. Те са трима на брой, като всеки от тях има 2 ресорни вътрешни комисии на Студентския съвет, за чиято дейност отговаря и съдействат на председателите на всяка от комисиите, за да ръководят качествено дейностите си.

Главният секретар на Студентския съвет изпълнява множество административни функции във връзка с дейностите на организацията. Заедно с помощник-секретарите от Секретариата водят протоколите от заседанията на Общото събрание и Управителния съвет, съставят доклади, писма и други документи, съдействат при отчитането на средства от одобрени проекти на студенти и докторанти и поддържат електронен архив на цялата документация, която постъпва при Студентския съвет.

Студентски съвет има 6 постоянни комисии: Комисия по образователни дейности, Комисия по социално-битови въпроси на учащите, Комисия по връзки с обществеността, Комисия по международна дейност, Комисия по културна дейност и Комисия по спортна дейност – те осигуряват работата на Студентски съвет в съответните ресори. Най-често вътрешните комисии организират събития и кампании на общоуниверситетско ниво, насочени към това да удовлетворят културните, спортните, социалните и творческите потребности на възможно най-голям брой обучаващи се. Същевременно поддържат връзка със съответните звена в Софийския университет, относими към ресорите, чиито са техен предмет, за да подобрят условията и достъпа на студентите и докторантите в тези аспекти.

Студентският съвет има и Надзорен съвет, чиято дейност е да осъществява наблюдение и контрол върху дейността на Студентския съвет, неговите органи и комисии. Надзорният съвет извършва проверки за нормативно съответствие на правилниците на Факултетните студентски съвети, разглежда сигнали за нарушения на Правилника за устройството и дейността на Студентския съвет, както и други правила и процедури, приети от Общото събрание на Студентския съвет или негови структурни звена.